Soğuk hava deposunu verimli bir şekilde kullanmanın önemli bir anahtarı doğru istiflemedir. İstifleme, soğuk depo raflarının odaya en uygun şekilde yerleştirilmesiyle mümkündür. Küçük ve orta büyüklükteki depolarda kasaların veya paketlerin ölçüleri dikkate alınarak yerleşim planı yapılmalıdır. Endüstriyel tesislerde ise paletlerin genişliğiyle birlikte üst üste konulacak palet adeti; forkliftin verimli çalışması için gerekli olan koridor boşluğu ve deponun iç net ölçüleri göz önünde bulundurularak raf sistemleri monte edilmelidir.
Küçük ve orta ölçekli Soğuk Odalarda çoğunlukla Krom Raf ( AISI 304 Paslanmaz Çelik) veya Alüminyum Raf sistemleri kullanılır. Büyük ölçekli Endüstriyel Soğuk Hava Tesislerinde ise depo sıcaklığına göre Elektrostatik Toz Boyalı veya Galvinizli Raf sistemleri tercih edilir.